Las vacunas recombinantes se basan en la expresión de regiones diana inmunogénicas de un patógeno que se expresan en un hospedador heterólogo a partir del cual se purifica el antígeno protector que se usa en la formulación de la vacuna. Para desarrollar una vacuna basada en antígenos proteicos, el punto de partida es la caracterización de diferentes compuestos de naturaleza proteica de los patógenos bacterianos mediante electroforesis en gel de poliacrilamida bidimensional (2D-SDS-PAGE). El análisis mediante Western blot de los sueros obtenidos de peces infectados/supervivientes, permite la identificación del antígeno/s más inmunogénico/s que es/son fácilmente reconocido/s por el sistema inmunológico del huésped y capaces de inducir una respuesta. Una vez identificadas las proteínas inmunogénicas, es posible producirlas en grandes cantidades con tecnología de ADN recombinante, purificarlas y utilizarlas para la vacunación de los peces. La producción de proteínas recombinantes tiene varias ventajas: el cultivo de la bacteria es económico, la producción de vacunas a gran escala y, además, estas vacunas son seguras y económicas en comparación con las vacunas basadas en bacterias vivas atenuadas, que pueden revertir su patogenicidad. Varias vacunas basadas en proteínas recombinantes están disponibles comercialmente y su utilización ha permitido controlar con éxito importantes enfermedades de los peces, como se indica en el capítulo 17 de Biotechnological approaches to fish vaccine of Genomics and Biotechnological Advances in Veterinary, Poultry, and Fisheries, (2019).

Actualmente, se dispone de vacunas comerciales autólogas que incluyen adyuvantes frente a la lactococosis. Todas estas vacunas deben administrarse mediante inyección con procedimientos que a veces son demasiado complejos y costosos para los sistemas de producción a pequeña escala. Su eficacia es limitada en el espacio (autóloga) y en el tiempo. Este tema se abordará, en el Proyecto SUPERTROUT, cambiando los métodos de producción y administración, tratando de desarrollar una vacuna de proteína recombinante para ser administrada por inmersión. Este es el objetivo clave del Work Package 3 del Proyecto SUPERTROUT, en el que se combinarán las habilidades y conocimientos de los diferentes Socios para desarrollar una vacuna eficaz para combatir la lactococosis en la trucha arco iris.