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I vaccini ricombinanti si basano sull’espressione delle regioni immunogeniche di un patogeno in un ospite eterologo da cui l'antigene protettivo viene successivamente purificato ed utilizzato nella formulazione del vaccino. Per lo sviluppo di un vaccino a base di antigene proteico, il punto di partenza è la caratterizzazione di composti proteici da patogeni batterici mediante elettroforesi bidimensionale denaturante su gel di poliacrilammide (2D-SDS-PAGE). L'analisi Western blot condotta utilizzando i sieri raccolti da pesci infettati / sopravvissuti all’infezione permette di identificare l'antigene o gli antigeni immunogenici,  facilmente riconoscibile dal sistema immunitario dell'ospite ed in grado di stimolarne la risposta. Una volta identificate le proteine ​​immunogeniche, è possibile produrle in grandi quantità con la tecnologia del DNA ricombinante, purificarle e utilizzarle per vaccinare i pesci. La produzione di proteine ​​ricombinanti ha diversi vantaggi: è economico coltivare i batteri, produrre vaccini su larga scala, ed inoltre questi vaccini sono sicuri ed economici rispetto ai vaccini a base di batteri vivi attenuati, che potrebbero tornare ad essere patogeni. Diversi vaccini a base di proteine ​​ricombinanti sono disponibili in commercio e importanti malattie dei pesci sono state contrastate con successo utilizzando vaccini ricombinanti, come riportato nel Capitolo 17 del testo Biotechnological approaches to fish vaccine of Genomics and Biotechnological Advances in Veterinary, Poultry, and Fisheries, (2019).

Attualmente sono disponibili vaccini autologhi e commerciali adiuvati per la lattococcosi. Tutti questi vaccini devono essere somministrati per iniezione con procedure a volte troppo complesse e costose per i sistemi di allevamento su piccola scala. La loro efficacia è limitata nello spazio (autologo) e nel tempo. Questo problema, nel Progetto SUPERTROUT, verrà affrontato modificando i metodi di produzione e somministrazione, cercando di sviluppare un vaccino a proteine ​​ricombinanti da somministrare per immersione. Questo è l'obiettivo chiave del Work Package 3 del Progetto SUPERTROUT, in cui le competenze e le conoscenze dei diversi Partner verranno combinate per sviluppare un vaccino efficace per combattere la lattococcosi nella trota iridea.

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