La acuicultura es uno de los sectores de más rápido crecimiento en el mundo y representa la mejor estrategia para controlar el agotamiento de los recursos pesqueros naturales debido al crecimiento de la población humana a nivel mundial. La producción europea de trucha supera los 250 millones de toneladas con un valor económico en torno a los 700 millones de euros.
Italia, Turquía, España y Grecia se encuentran entre los principales países productores a nivel Europeo y del área Mediterránea; en particular, la producción anual, referida a 2015, fue respectivamente de 38.000, 107.101, 15.938 y 1.611 toneladas (FEAP Production Report 2016).
Las enfermedades bacterianas representan una de las principales preocupaciones para el sector de la producción de la trucha, siendo la primera causa de mortalidad en una piscifactoría.

En la zona mediterránea, la lactococosis es una de las enfermedades más graves para el sector de producción de truchas. Como consecuencia del aumento de la temperatura del agua, factor que puede estar asociado al fenómeno del calentamiento global, Lactococcus garvieae, el agente etiológico de la enfermedad, se le considera actualmente un patógeno reemergente. La lactococosis se caracteriza por una alta mortalidad y elevadas pérdidas económicas.
Los sistemas de control tradicionales, como la vacunación y los tratamientos antibióticos, no son completamente efectivos; además, las vacunas son caras, y difíciles de producir y administrar, mientras que los tratamientos antibióticos representan un grave problema de contaminación ambiental, relacionado con el fenómeno de la resistencia a los antibióticos, con impacto en la salud humana.
El objetivo general de SUPERTROUT es incrementar la sostenibilidad y rentabilidad de los pequeños sistemas de producción en acuicultura, utilizando estrategias innovadoras, como la selección genética, para obtener líneas de trucha resistentes a la lactococosis. Los productores están acostumbrados a seleccionar sus animales sobre la base de características ventajosas visibles a simple vista, vinculadas tanto a características productivas, tales como la mejora de las características de los peces o la rapidez de crecimiento como la resistencia a enfermedades.
La identificación de genes específicos puede permitir, con el tiempo, lograr el objetivo de una selección dirigida sobre una base genética. Esto no tiene que ver con la ingeniería genética, sino simplemente con la cría selectiva de truchas que llevan de forma natural genes de interés.
Desde esta perspectiva, un work-package específico de SUPERTROUT está destinado a evaluar el nivel de resistencia a la lactococosis en truchas portadoras de una mutación en la posición 140 del gen MHC de clase II, descrito en un estudio anterior junto con la frecuencia de esta mutación en poblaciones de truchas pertenecientes a diferentes granjas seleccionadas en cada país participante del proyecto.
Las truchas portadoras de la mutación de interés se utilizarán como reproductores para obtener una progenie resistente.
También se investigarán nuevos marcadores genéticos de resistencia a través de estudios genómicos destinados a obtener una progenie resistente para ser utilizada en áreas con alta prevalencia de la enfermedad.